VIFS CALEPINS :

La Terre abrite notre Vie. Mais, qu'est-ce que la Vie ?
Au plus simple, une vie, c'est l'adaptation optimale, d'une individualité, à son milieu de vie et à l'usure du Temps. Aussi, cette Vie s'est harmonisée aux conditions de sa planète et de son histoire, à l'aide de l'évolution chimique de toutes les individualités biologiques du passé terrestre.
La Vie ainsi, se pérennise, grâce aux meilleures recettes de ses individualités ; mais, avec cette possibilité, pour une efficacité optimale, de modifier ses astuces au cours des générations.
  La vie pour celà, recueille ces recettes évolutives sur un calepin sécurisé ; c'est l'ADN. Pour le sécuriser des aléas du Temps, l'ADN doit être protégé, en le cadenassant après pliage, afin que seuls les outils adéquats puissent le lire. De ce compactage se détache un Fleuve, où chaque Maille est une phase d'agencement de cet ADN.

Ces phases ont donc, pour origine la chimie, avec les bases azotées des nucléotides ; ensuite, la deuxième des phases est le codage binaire en couple ; la troisième compile les données sur un ruban de lecture ; la quatrième plie le ruban en torsade ; le cinquième rehausse la ponctuation par des tronçons ; le sixième catalogue les données en chromosome ; le septième enchâsse le tout dans la chromatine ; et le dernier régente l'utilisation à l'aide de la machinerie reproductive.
  Toute vie brève ou longue est une unique seconde, une goutte dans l'infini, une larme étincelante de sons. Larme de peine et de joie, d'angoisse et de plénitude, de fatigue et de bien-être. Délogées des nuages, elles rejoignent le ruisseau ; Naissance, Mort. Mais de praline en vanille, elles vibrent sur les papilles divines. Aussi, un jour de pluie, en écoutant leurs chants, si vous entendez des rires d'enfant, sachez que le bonheur est tapi dans un coin souvenir.

Dans nos calepins cellulaires, trésors ancestraux, sur ces pages constituées de nôtre ADN (épaulé par de l'ARN), s'inscrustent les recettes du Vivant. La fibre d'ADN (comme l'ARN) repose sur l'assemblage de bases azotées ; celles-ci s'enchaînent en couples complémentaires, de telle façon qu'à une base purinique correspond sa base pyrimidique.
Nous percevons alors, un empilement de couple dans l'ADN, alternance variable de Guanine - Cytosine, et d'Adénine - Thymine (sinon Uracile pour l'ARN).
  L'ADN (et ARN) correspond ainsi, à une suite binaire de couple ; chaque antipode est alors, homologue soit à un 0, soit à un 1. Remarquables, Les bases puriniques (A & G) sont issues de molécules biologiques essentielles. La guanine est affiliée au GTP, un actionneur de configuration moléculaire, nécessaire aux communications cellulaires ; d'où la valeur numérique de la guanine et de sa complémentaire, la cytosine, égale 0. Tandis que l'adénine est affiliée à L'ATP, le transporteur d'énergie du vivant, et aussi du NAD ou du FAD, les transporteurs de charge chimique ; d'où la valeur numérique de l'adénine et de sa complémentaire, thymine (sinon uracile pour l'ARN), égale 1.
L'effet délétère des rayonnements agit principalement sur deux thymines (sinon sur des cytosines) adjacentes en rigidifiant l'ADN et empêchant toutes expressions, si ce défaut n'est pas réparé.

⌘ Où ? Environnements : Les supports de la Vie se maçonnent donc, avec ces bases azotées sucrées et à phosphates. Comme environnement à phonèmes, ces briques construisent bien le premier opérateur de la mémoire du vivant. Elles sont la réponse à la maille : Où ? En effet, pour s'associer en mots de codes, ces différents monomères (les bases azotées) ont besoin de se complexifier chimiquement.
En premier, pour exposer un sens de lecture, ces monomères doivent présenter une asymétrie apportée par la liaison à un sucre à cinq carbones, un pentose. Ce sens de lecture est spécifié par l'accolement au cinquième carbone (le premier étant celui lié à la base azotée) d'un phosphate. Et en symétrie du quatrième carbone, le troisième carbone présente un groupe hydroxyle (OH), qui permet l'attachement d'une base adjacente par le phosphate de son pentose. Le sens de lecture (pour les transducteurs biologiques) est donc inscrit sur le sucre de chaque base azotée, il part, de l'extrémité phosphate du dernier carbone, vers l'extrémité hydroxyde du troisième carbone du pentose.
    Tel le papier et l'encre de vos calepins, les bases nucléotides sont fournis par un processus d'alimentation - digestion. En particulier, pour l'adénine qui est considérée comme de la vitamine B4, non synthétisable par les cellules humaines. La dégradation, de molécules absorbées, est apte à fournir les bases nucléotides.

Ainsi, l'alimentation en base nucléotide passe par la digestion. La dégradation des acides nucléiques (xDN ou xRN), n x 10C ou 9C, par des nucléases pancréatiques, à lieu dans notre intestin grêle. Les nucléotides sont transformés en bases par deux étapes ordonnées différemment suivant les types. Elles comprennent : le départ du phosphate, ce qui donne un nucléoside aminé ; le départ du ribose, ce qui donne une base. On distingue ainsi, les nucléotides de pyrimidine que sont le TMP (thymine mono phosphate), l'UMP (uracile M.P.), le CMP (cytosine M.P.), et les nucléotides de purines que sont l'AMP (adénine M.P.), le GMP (guanine M.P.).
  -) Dans le cadre des NUCLÉOTIDES DE PURINES, L'AMP a deux voies alternatives de dégradation. La première, désamine l'AMP en IMP, et ammoniac ; puis l'IMP est déphosphorylé en inosine, ce qui conduit à l'ADÉNINE et à la guanine. La deuxième, l'AMP, est hydrolysée en son nucléoside correspondant l'adénosine, puis une amino-hydrolase catalyse l'hydrolyse de l'adénosine en inosine et ammoniac. Ensuite l'inosine subit une phosphorolyse qui libère sa base purique, l'hypoxanthine C5, et le ribose 1 phosphate. Le GMP lui est dégradé par une nucléotidase en son nucléoside correspondant la guanosine. Ensuite la guanosine est dégradée en sa base aminée correspondante, la GUANINE C5 avec départ du ribose 1 phosphate. De la dégradation des nucléotides de purine, on obtient la base d'hypoxanthine C5 et la base aminée de guanine C5.
  Pour les nucléotides aminés, le départ du NH3 a lieu en premier, ou en deuxième, ou pour une base aminée en troisième. L'excès d'ions ammonium est toxique pour le système nerveux. Pour se débarrasser de l'ammoniac (NH3), un animal terrestre devrait uriner abondamment ; l'excrétion de l'urée (NH2-CO-NH2) permet à l'animal de perdre moins d'eau.

La majorité des vertébrés terrestres se débarrassent de l'excès d'ions ammonium (NH4+) en incorporant ceux-ci dans l'urée, qui est excrétée : ils sont uréotèles. Ainsi, le glutamate déshydrogénase assure-t-elle la conversion globale, en NH4+, des groupes aminés de maints acides aminés. Les oiseaux, certains reptiles, (les escargots et les insectes) excrètent l'ammoniac, sous forme de précipité d'acide urique, après la réabsorption de l'eau urinaire : ils sont uricotèles. Les déchets azotés sont excrétés sous forme d'ammoniac chez la plupart des animaux aquatiques ; les poissons, eux, l'éliminent sous forme d'ions ammonium à travers l'épithélium des branches. Les procaryotes excrètent le plus souvent l'ammoniac dans l'air ou dans l'eau. Ceux-ci sont des ammoniotèles.
  -) Dans le cadre des NUCLÉOTIDES DE PYRIMIDINE, l'UMP et le TMP ne sont pas aminés. Ils sont dégradés par une nucléotidase qui enlève leur phosphate inorganique en leur nucléoside correspondant que sont l'uridine et la désoxy-thymidine. À l'inverse, le CMP lui est aminé, il est d'abord dégradé par une nucléotidase en son nucléoside correspondant la cytidine, qui conduit à la CYTOSINE, puis désaminé par une amino-hydrolase en uridine et ammoniac. Ensuite l'uridine et la désoxy-thymidine sont transformées en bases respectives, URACILE (pour les ARN) et THYMINE (pour les ADN), par une phosphorylase qui enlève leur pentose (ribose ou désoxyribose). Ainsi, on obtient de la dégradation des nucléotides de pyrimidine, les bases finales d'uracile C4 et de thymine C5.
  Après cet aparté sur la provenance biologique des bases azotées, intéressons-nous à leur écriture dans les calepins du vivant.

Ces bases que sont l'adénine, la guanine, la cystine, et la thymine sont appariées dans la double hélice en couple de nucléotides ; soit T. avec A., et C. avec G. de sorte que les deux brins soient complémentaires. Pour un accouplement de complémentaires, ces différents monomères (les bases azotées à pentose phosphatée) se lient, en tête-bêche, au niveau de leur base, par deux ou trois liaisons chimiques ; ce qui empêchent toutes rotations relatives des bases ; le sens de lecture sur l'un et alors en opposition au sens de lecture de l'autre.
  Quand ? Trame : C'est un codage doublement binaire, hiérarchisé en lecture. Car il repose, sur les deux purines qui s'accouplent avec leurs pyrimidines spécifiques pour construire les deux brins de l'ADN.

⌛ L'alternance des couples complémentaires de nucléotides donne les lettres de codage de l'ADN, en une lecture numérique de 0 (guanine), de son subsidiaire 0" (cytosine), de 1 (adénine) et de son subsidiaire 1" (thymine, sinon l'uracile). C'est comme si vous utilisiez uniquement deux voyelles proches graphiquement comme le a et le e pour une frise en codage binaire, auxquelles vous rajouteriez au-dessus ou en dessous, leurs consonnes graphiquement dérivées ; exemple : au a, c'est le u ; au e, c'est le c.
  Au codage graphique binaire, se rajouterait le codage de placement dans la frise (en haut ou en bas).
Cet alignement en deux brins, des couples complémentaires de nucléotides, nous conduit donc au ruban d'ADN.

L'ADN est donc, un enroulement de deux brins où sont inscrits les gènes, en une suite de triplets, avec ses bases que sont l'adénine, la guanine, la cystine, et la thymine. Nota, pour l'ARN les gènes sont codés aussi par des triplets de base sauf que l'uracile remplace la thymine.
  Chaque triplet de monomère appelé codon, est la retranscription d'un acide aminé. Les vingt acides aminés constituent les briques des protéines.
  Dans l'ADN des eucaryotes le gène est un assemblage de codons sous forme d'exons qui correspondent à des protéines, et sous forme d'introns qui servent de ponctuation, voire de commandes de transcription des protéines.
Ainsi, beaucoup d'introns gouvernent la synthèse de protéines régulatrices polyfonctionnelles. D'autres introns sont des gènes sauteurs. Ces derniers se répartissent selon une occupation propre à chaque individu d'une espèce, ce qui constitue une carte d'identité. Et rarement, les gènes sont répartis sur plusieurs chromosomes.
  Pourquoi ? Exigences : l'écrit. C'est un ruban d'écriture, porteur de mots, de signifiants codés.

♒ Ce ruban se tisse en deux brins, par association linéaire de couples complémentaires en nucléotide. Le ruban est non seulement le support mais aussi l'encre, de transcription du vivant. À cet égard, les glyphes sur les rubans d'ADN (ARN) reposent sur des triplets de base, appelés codons.
Ces différents codons seront traduits en un acide aminé typique, intégrable dans la construction d'une protéine.
Ce transfert nécessite un convoyeur, pour emmener l'information génétique, du noyau aux constructeurs protéiques que sont les ribosomes. Ce convoyeur c'est de l'ARN où toute thymine est remplacée par de l'uracile.
  Les codons, aussi bien dans l'ADN que dans l'ARN, sont des mots et des ponctuations. Vue, que nous avons un codage doublement binaire avec des graphies de trois nucléotides, nous devrions avoir 64 acides aminés ; or nous sommes en présence que de 21 types d'informations courantes. En effet, le vivant n'utilise que 20 acides aminés, et dont le code d'un de ceux-ci (: M) détermine le début de toutes protéines s'il est à proximité de l'ancrage d'un traducteur ; auxquels il faut rajouter le signal de fin de transduction. Donc, la redondance de codage doit avoir une raison, surement de lecture, en particulier sur le choix du brin à décrypter dans l'ADN.

La grammaire nécessaire à la lecture du ruban d'ADN, repose donc sur la correspondance entre les différents acides aminés et les 64 codons ( : triplets de nucléotides).
  En voulant regrouper les différents codons pour chaque acide aminé, nous découvrons la nécessité de s'intéresser en premier, au deuxième codon des triplets. Ce qui est logique, puisque le traducteur doit prendre en charge trois nucléons par information, et automatiquement, le deuxième codon, prend plus d'importance du fait de son encadrement par ses sœurs frontalières. Ainsi, la lecture de chaque triplet se fera dans un ordre non hiérarchique ; soit le deuxième nucléon du codon, puis le premier qui a servi à positionner le traducteur, et éventuellement le troisième qui affine par sa nature de purine (A ou G) ou de pyrimidine (C ou U).
  Ainsi, nous obtenons la première collerette avec les quatre différentes bases présentes dans le deuxième codon. Alors, la suite des premiers codons dans chaque quartier (de cette collerette centrale en deuxième codon), doit être soit identique, soit dissemblables les unes des autres. Cependant, le placement côte à côte des acides aminés proches chimiquement nous conduit à une suite de premier codon, disparate, pour chaque quartier ; mais, avec, dans le sens de lecture horaire, un A en dernier. Car, pour présenter quatre ordres distinctes, il est nécessaire, pour un codage clair, de prendre une des quatre bases comme référent. Les quartiers en opposition devrait en ce cas, présenter un ordre inverse pour la suite des trois autres codons tel que : (CUG)A et (GUC)A ; toujours est-il, que les acides aminés cycliques doivent être positionnés en miroir sur la rosette. Ce fait me pousse à ignorer, dans le quartier C, la contrainte d'inversion en miroir des trois autres codons par rapport au A, j'ai peut être tort.

Remarque la pierre de Rosette suivante utilise U à la place de T, car on s'intéresse à la transcription du ruban de l'ARN messager en protéines d'acides aminés.
    Dans ces conditions, seul un acide aminé, la S ( : Sérine) possède bien le choix d'un nucléon sur deux pour deuxième codon, c'est-à-dire : soit G (une purine), soit C (sa pyrimidine complémentaire). De même, un seul acide aminé, en dehors de S, le R ( : aRginine) possède, cette fois-ci, pour premier codon, non pas un seul nucléon, mais bien le choix d'un nucléon sur deux, c'est-à-dire : soit A (une purine), soit C (une pyrimidine). Le cas de S est remarquable, car on a, comme début de codon : soit A puis G : des purines ! soit U puis C : des pyrimidines.
  En outre, il faut accoler les codons à langage spécifique pour des espèces exotiques, au codon généraliste pour l'acide aminé équivalent, en vue d'affiner cette roue. Ce langage est ainsi, différent entre l'ADN des mitochondries et celui des autres cellules ; en particulier pour le cas du codon AUA de I, qui alors code pour M ; ou le codon UGA de Fin, pour W ; sinon le codon (A,G,pur) de R, pour Fin. Dans des cas rares, exotiques, le codon classique GUG de V, code pour M ; ou le codon CUA de L, pour T. Dans la plupart des cas, suivant sa position dans l'ADN, le codon de M devient un marqueur du départ de la transcription. Nota, le Vivant utilise très rarement (espèces exotiques), pour ses protéines, deux autres acides aminés que sont la pyrrolysine, noté O, fille de K, (en UAG, chez les méthanogènes) à la place d'un codon de Fin ; et la sélénocystéine, noté U, fille de C, (en UGA, dans le cadre de certaines enzymes bactériennes) à la place d'un autre codon de Fin !

Ensuite nous remarquons que les deux exotiques (U et O) ont dans le désordre, le même ensemble de triplet {A, U, G}, et que cet ensemble, avec deux des trois nucléotides et des positionnements différents, code pour des acides aminés présentant un cycle chimique soit : Y, W, et F.
Or il est remarquable que les aromatiques symbolisés par ¤, aient tous pour premier codon la pyrimidine U (et T dans l'ADN). Et que les autres cycliques, symbolisés par uniquement par °, aient tous pour premier codon l'autre pyrimidine C. Donc, ces acides aminés que sont : Y, F, W, avec secondairement P et H, déterminent une symétrie majeure dans cette Rosette.
  Plus fin à débusquer, pour les alcools symbolisés par %. L'alcool avec un aromatique : Y, a pour début de codon (U,A,pyr) ; or les deux autres %, soit S et T ont pour aussi soit un A, soit un U, mais pour premier codon !
  De plus non seulement l'ensemble de nucléons : {A, U, G,} code pour des fins de transcription (UAG) et (UGA), mais aussi pour le démarrage de la transcription avec (AUG).
  En outre, les "FIN", les facultatifs (en M et en W), le remplaçant du L par T, et les exceptionnels car originaux (U et O), sont tous codés en troisième codon par une purine (G ou A).
  Plus généralement nous constatons que les 10 polaires sont codés avec la purine A en premier ou deuxième nucléon des codons, sauf si la pyrimidine U est le deuxième nucléon. À l'inverse les 10 apolaires ont pour deuxième nucléon la pyrimidine U, à moins que les deux premiers soient issues de l'ensemble {Pyr, G}, sinon du binôme {G, G} ou son complémentaire {C, C}.

  Étudions comment la programmation de la Vie sur Terre, basée sur l'enchainement des acides aminés, traductions des codons de L'A.D.N., respecte le principe de circuit pour les constituants des protéines.

Comment déduire le circuit des acides aminés ?

Avec une triskèle de Venn ! En utilisant un tableau où les acides aminés seront regroupés par même nature chimique.

    Reste à vérifier, que chaque acide aminé a bien la fonction de sa maille ; A) en environnement (ex : ils sont hydrophobes et permet de protéger la protéine du milieu aqueux cellulaire), B) en trame, C) en exigences, D) en carcan, E) en ressources, F) en procédés, G) en objectifs, H) en bénéfices.

En outre, les groupes de chacune des mailles sont enchâssés, ce qui signifie qu'ils sont en rapport complémentaire d'action avec l'autre du groupe voisin.
  Cependant, la présence de nombreux acides aminés dans la maille 000) me pousse à affiner l'étude, en considérant la polarité des acides aminés ; ce qui me conduit à une nouvelle triskèle d'acides aminés plus proche de la réalité :

Or on constate que nous avons autant de polaires que d'apolaires, soit 10. Cette répartition équitable des acides aminés m'engage à entrevoir un circuit plus complexe en mailles négatives et en mailles positives, à l'identique d'une pièce en pile et face. La maille 000 devient alors le lieu commun de cette symétrie ; soit, en numérique : -111, -110, -101, -100, -011, -010, -001, 000, 001, 010, 011, 100, 101, 110 et 111.
À partir de là, pour être au plus près de la réalité, les natures de chaque acide aminé, sont quantifiées ; ce qui nous permet de mieux regrouper les acides aminés par maille dans ce tableau, puis dans le pile et face de la triskèle des acides aminés !
La répartition, la plus belle donc, la plus symétrique, sera positionnée au plus près de la réalité du circuit.
L'on constate alors, que la M ( : méthionine) est au centre des apolaires ; rôle central dû au fait que son code ADN, code aussi pour le départ de la transcription. Et que le H ( : histidine) est au centre des polaires ; rôle central dû au fait que c'est le réactif enzymatique le plus présent (ex : catalyse des phospholipides).

  Malgré, la beauté de cette disposition, il faut en affiner la structure, notamment par l'ajout de nouvelles qualités bien quantifiées. C'est pourquoi, à ce niveau, mon étude du circuit des acides aminés a besoin de l'intérêt des professionnels en chimie biologique, car en tant qu'amateur, je n'ai pas les moyens de pousser les investigations plus loin. Aussi, pour que vous dépassiez mes limites, ci-joint le tableau "Excel" en téléchargement ; vous pourrez alors, le modifier à votre guise : téléchargement du tableau des Acides Aminés

De ce tableau, j'en dégage alors un triskèle de Venn en pile et face :
Quoiqu'il reste encore beaucoup d'analyse à achever ; néanmoins, ma proposition pour ce dernier circuit en maille des acides aminés peut être déjà utilisée dans l'étude des agencements de protéine (voir sur la toile les différents projets collaboratifs pour l'étude des protéines).

À côté des vingt aminoacides constitutifs de toutes les protéines, on trouve de nombreuses autres aminoacides (ex : taurine, issue de la cystéine), soit à l'état libre où ils jouent un rôle métabolique important (ornithine, citrulline : issues de l'arginine), soit dans des peptides de petite taille synthétisés par des micros organismes ou des plantes (gramicidines, pour les pores cellulaires).
  Parmi les 20 acides aminés, les polaires ionisables s'associent par des liaisons ioniques. Les polaires non ionisables s'associent par des liaisons hydrogènes. Les apolaires donne des liaisons de type Van der Walls, lorsqu'ils s'associent entre eux par exclusion des molécules d'eau de leur voisinage spatial.
    Les Apolaires :
  Le TRYptophane ( : W, apolaire) et la tYrosine ( : Y, polaire) sont des acides aminés ambivalents, en symétrie sur le disque. Remarque la tyrosine, la PHÉnylalanine ( : F, apolaire) et le tryptophane commencent tous les trois par le codon U. Le tryptophane est proche des purines et comme la tyrosine, ils sont voisins par leur codon aux signaux de fin de transcription. Tout cela laisse à penser que les précurseurs du code génétique pourrait être un polymère d'oxyribose phosphate où les bases sont remplacées par les noyaux de tryptophane et de tyrosine (ou de phénylalanine, pour l'ancêtre de l'ARN). Ainsi, on peut penser que la tyrosine (ou la phénylalanine) a subi l'attaque de composé azoté pour devenir une cytosine, cette dernière s'est ensuite transformé eu uracile puis en thymine ; de même pour le tryptophane.
  J'aime alors, imaginer que les précurseurs des ARN et des ADN se sont développés dans un océan d'ammoniac comme sur les satellites des planètes géantes ; puis transporté par l'intermédiaire de notre proto lune, ils auraient ensemencé la proto terre, où les conditions étant différentes obligeait l'adoption d'un code génétique plus performant.

  La Glycine ( : G) est le plus petit acide aminé, avec son atome d'hydrogène elle est émondée de tout caractère fortement hydrophile ou hydrophobe, et c'est le seul acide aminé à ne pas être un isomère gauche elle n'est pas chiral. Ainsi, seule la glycine (dit glycocolle) peut pénétrer dans des régions inaccessibles aux autres protéines (polaires). La glycine est très répandue dans les protéines, abondante dans la gélatine, dans la fibroïne (protéine du ver à soie).
  L'acide aminé à radical -SH comprend la Cystéine ( : C, apolaire). La cystéine est souvent dite polaire à cause de sa nature polarisable et de sa capacité à former des liaisons hydrogènes faibles. Néanmoins, elle n'est pas réellement polaire, et elle est relativement insoluble comparée à d'autres molécules hydrophiles. Avec son groupe -SH libre, la cystéine est tout à fait hydrophobe. La cystéine est atypique car son groupe -SH permet de former un pont covalent avec une autre cystéine. La décarboxylation de la cystéine donne la cystéamine ou thiol éthanol amine, qui constitue la partie active de la coenzyme A.
Quant à l'atome de souffre de la Méthionine ( : M, apolaire), ses doublets libres peuvent former des liaisons de coordinence avec des ions métalliques.
  La Proline ( : P, apolaire) imprime une angulation fixe à la chaîne polypeptidique, en conséquence il finalise les hélices α et boucle les feuillets β, d'autant plus que l'association de prolines et glycines crée des hélices gauches. La proline est le seul aminoacide dont l'amine est secondaire, à noyau pyrrole.
  Certains considèrent la proline comme hydrophobe, malgré un indice d'hydrophobicité de -1,6 ; il en est de même pour des indices d'hydrophobicité plus faible, de -0,9 pour le tryptophane et de -0,4 pour la glycine. Pourquoi : parce qu'ils présentent une chaîne latérale plus ou moins hydrophobe ; donc, je préfère me tenir aux mesures.
  L'Alanine ( : A, apolaire) est l'acide aminé prépondérant des protéines avec la Valine ( : V, apolaire), la Leucine ( : L, apolaire) et l'isoleucine ( : I, apolaire) ; ils ont un hydrocarbure saturé. Les hélices α sont constitués en majorité d'alanine, de leucine, de méthionine et d'acide glutamique. Tandis que les feuillets β sont édifiés en majorité avec de la valine, de l'isoleucine et de la glycine.

Les Polaires :
  La Sérine ( : S, polaire) contient un groupe hydroxyle qui est réactionnel que dans l'environnement particulier au site catalytique de certains enzymes. L'hydroxyle peut-être estérifié par l'acide phosphorique, on a alors la phospho sérine, caractéristique des phosphoprotéines telles que la vitelline du jaune d'œuf. Le groupement alcool primaire de la sérine (ainsi que le groupement thioalcool primaire de la cystéine) constitue d'excellents nucléophiles et peut agir comme tel au cours de la catalyse enzymatique.
la D-sérine, sécrétée par les astrocytes dans le cerveau, sert de neurotransmetteur pour la mémorisation à long terme (au niveau des NMDA).
  La Thréonine ( : T, polaire) est considérée par certain comme un acide apolaire à cause de son groupe terminal CH3, mais il est polaire à cause du groupe latéral -OH. La présence d'un groupe alcool dans la sérine et la thréonine, permet le greffage d'un phosphate.
Une thréonine peut être dégradée chimiquement en une sérine, elles sont donc : mère, fille. La sérine est le pendant polaire de l'alanine apolaire, car ils diffèrent uniquement par un groupe OH à la place d'un H. Cependant, sa mère la thréonine bien qu'à l'identique, est le pendant polaire de la valine apolaire ; l'alanine et la valine ne sont pas de la même famille, bien qu'ayant des propriétés proches, voir plus haut le triskèle de Venn en pile et face.
  Comme, nous l'avons déjà signalé, la tYrosine ( : Y, polaire) est un acide aminé benzénique, à l'instar de la phénylalanine ( : apolaire ! ). D'autant plus que la tyrosine, polaire benzénique, dérive de la phénylalanine, apolaire benzénique ; nous sommes donc, en présence d'un couple antagoniste (polaire / apolaire) d'acide aminé ; couple sûrement, aussi important que le couple central méthionine, histidine, eux totalement antagonistes.
La tyrosine peut être glycosylée, mais, à l'inverse de la phénylalanine, elle peut être aussi phosphorylée à l'image de la sérine et de la thréonine, d'où sa présence dans les sites catalytiques. En outre, la tyrosine est une brique essentielle à de nombreuses hormones : thyronine, adrénaline, noradrénaline, dopamine ; voir des protecteurs tels que la mélanine ; sans oublier sa nitration pour devenir une cystéine puis un uracile ou une thymine.

  Les polaires à charge stabilisent les conformations protéiques par la formation de liaisons salines, et agissent dans les catalyses enzymatiques comme relais de charge, ce qui permet de transmettre les charges sur des distances considérables.
Les acides polaires négatifs comprennent l'acide glutamique ou glutamatE ( : E) et l'aspartate ou aciDe aspartique( : D). Le glutamate et l'aspartate sont des neurotransmetteurs en dehors des protéines, par contre les deux, participent non seulement aux structures finales des protéines, mais aussi sont des acteurs essentiels au sein des sites de liaison.
L'Histidine ( : H, polaire) peut fonctionner tour à tour soit, le plus souvent, comme catalyseur basique (+) ; sinon, comme catalyseur acide (-). L'histidine joue un rôle essentiel dans les sites enzymatiques, car non seulement il peut s'attacher un proton ( : +), mais surtout il peut s'accoupler avec des ions métalliques fortement actif (zinc, cobalt, nickel, et fer dans l'hémoglobine)
Les acides polaires positifs comprennent entre autres, la LYsine ( : K) et l'aRginine ( : R). La chaîne latérale polaire de la lysine contient quatre groupements méthylènes apolaires. La lysine non seulement par sa réactivité est essentielle aux pliages des grandes structures protéiniques, mais en outre elle est très souvent en relation avec des glucides, dans leurs multi assemblages. L'arginine est l'acide aminé le plus basique (+), il forme des liaisons ioniques avec les négatifs ou de répulsion avec les positifs. Il constitue un des apports important en atomes d'azote. L'arginine est comme la lysine particulièrement abondante dans les protéines basiques des noyaux cellulaires.
Ainsi, les HISTONES et les protamines peuvent renfermer jusqu'à quatre-vingt-dix pour cent d'arginine.

L'ADN est enroulé par des HISTONES qui inhibent toutes transcriptions, c'est seulement sous l'action des protéines d'activation liées à la séquence d'amplification que ce produit la dissociation des complexes d'histones avec la boîte TATA, ce qui permet à l'ARN polymérase de désapparier une dizaine de paires de bases soit l'équivalent d'un tour d'hélice et de démarrer la transcription de gène en ARN pré messager.
Chez les eucaryotes, il y a trois types d'ARN polymérase, l'ARN polymérase 1 pour la synthèse des ribosomes, l'ARN polymérase 3 pour la synthèse des petits ARN et des ARN de transfert et l'ARN polymérase 2 pour toutes les autres protéines.

☁ Le ruban spirale en une double Hélice. Une TORSADE complète s'effectue en un tour complet ; elle est caractérisée par un grand sillon et un petit. Une Torsade comprend (pour l'ADN-B) environ une dizaine de couples. Car, elle s'enroule autour d'un octamère d'histones (protéines de compactage de l'ADN).
Autour de Quoi ? Carcan : /en milieu liquide ionique.

☂ L'empilement des torsades (par H1) conduit à la structure en ADN-B. Cependant, l'ADN, dans son étendue est une succession de TRONÇON d'ADN-B délimité par de l'ADN-Z, sur lequel se fixent les protéines régulatrices de la machinerie reproductrice.
Avec quoi ? Ressources : gènes.

✍ À l'extrémité des CHROMOSOMES, de l'ADN quadruplex, les délimite. Cet ADN quadruplex est un couplage plan de quatre guanines formant un plan. L'empilement de ces associations carrées se termine par un long fil de guanines enchaînées au télomère. Ce dernier point est à rattacher au rôle du GDP au niveau des protéines membranaires.
Comment ? Procédés : archivage

✌ Elle est due aux repliements (plusieurs structures emboîtées non déterminées) des chromosomes sous l'effet de protéines de condensations non histoniques. En effet, les (8) histones s'entourent de deux tours de chromosomes, puis se regroupent en hélice plus grosse, qui se torsade en hélice encore plus grosse (en échelle fractale).
110) Dans quels buts ? Objectifs : conservés / temps et disponibilité / actions.

☯ Elle est entre autres, composée du boîtier, c'est-à-dire du noyau cellulaire, et d'outils tels que les centrioles et les protéines de repliement.
111) De telle sorte que ? Bénéfices : adaptation temporelle / milieu d'interférence et à son évolution.

Bien avant les premiers germes de vie, notre Terre devient solide. L'Eau s'y condense. Et l'Air primitif recouvre le tout. Tandis que le Feu tellurique se répand en laves fluides et bouillonnantes. Dans cet environnement, les Lois de la vie se manifestent. À l'aide de la reproduction, une cellule maîtrise le Temps. Du fond des eaux jusqu'aux plus hauts nuages, les espèces vivantes ont conquis l'Espace terrestre. Aujourd'hui, la plus puissante d'entre elles, c'est-à-dire Vous, maîtrise les Énergies pour son profit. La Vie a acquis son autonomie. Cet arrangement de fleur charme notre esprit. Mais, pour en goûter les saveurs sans s'y perdre, il est nécessaire de reconnaître les structures qui s'emboîtent en un Fleuve : le Fleuve du Vivant.

De Circum HUTI, le 20/10/2011, mdf le 2011-11-06.

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